Roque Junior begon zijn carrière bij het kleine São José, maar vertrok na een jaar al naar Palmeiras. Na vier jaar (65 wedstrijden, twee doelpunten) werd de verdediger overgenomen door AC Milan. Na vervolgens voor Leeds United (verhuur), Siena (verhuur), Bayer Leverkusen, MSV Duisburg en Al-Rayyan te hebben gespeeld, keert Roque Junior na negen jaar weer terug bij Palmeiras, de nummer twee van de Braziliaanse competitie.
Roque Junior heeft diverse prijzen achter zijn naam stan. De 48-voudig international won met AC Milan de Champions League en met het nationale elftal won hij in 2002 het WK.