Thomassen verruilt AGOVV voor FC Eindhoven
De linksback kwam niet veel aan spelen toe bij de club uit Apeldoorn, dit mede door blessureleed. Door de komst van Alair Cruz Vicente en Gieljan Tissingh werd de concurrentiestrijd om de favoriete plek van Thomassen nog feller.
In 2011 arriveerde Thomassen bij AGOVV Apeldoorn. In het verleden maakte hij deel uit van de jeugdopleiding van PSV.