Fernandez terug bij Real Zaragoza
In het seizoen 2004/2005 werd hij aangesteld bij Champions League-winnaar FC Porto. In december van 2004 pakte hij nog wel de Wereldbeker. Echter vielen de prestaties in de competitie en de Champions League tegen, waardoor hij in januari 2005 besloot op te stappen. Ook bij Celta de Vigo kende hij eind jaren negentig een succesvolle periode. Ondanks een CV waar je u tegen mag zeggen stond de oefenmeester nooit aan het hoofd van een grote Spaanse club.