Nowotny per direct weg bij Zagreb

Nowotny vierde zijn hoogtij dagen bij Bayer Leverkusen. Echter, de laatste jaren wilde zijn lichaam niet echt meer meewerken en kreeg hij te kampen met zware knieblessures. Daardoor kon hij in de laatste vier seizoenen maar 53 maal uitkomen voor zijn ploeg.Nadat zijn contract afgelopen zomer niet werd verlengd, besloot de 48-voudig Duits international zijn heil te zoeken in Kroatië. Dinamo Zagreb wilde hem de kans geven, maar ook daar kreeg de verdediger last van blessures. Na onderling overleg werd besloten dat het contract per direct is ontbonden. Nowotny speelde slechts tien duels voor Zagreb.